古石密室逃脱13秘密任务的最终目标是潜入邪恶组织的核武器仓库，揭露并挫败其阴谋，最终收集关键证据与情报并成功逃脱以完成使命。
玩家在游戏中扮演一名秘密特工，核心任务是渗透进一个正在秘密研制核武器的邪恶组织内部。游戏的进程围绕这一核心目标展开，玩家需要从最初的剧场场景开始探索，通过解谜逐步深入组织的核心区域。在剧场入口，玩家需要组合手杖把手与藤杖头制成手杖，利用撬锁工具获取机械面罩，并通过双目镜破解暗门密码进入后台，这标志着调查任务的正式开始。后续的关键步骤是破解留声机谜题，通过正确安装唱片、调整转盘位置来触发机关，从而开启通往集团宝库的秘密通道，逐步接近组织的核心机密。
剧情推进到黑暗之城章节，任务的复杂性和挑战性显著增加，解谜环节更为精巧。例如在火车站场景需要完成木箱寻物游戏获取指甲锉，在吊车顶部则需要组装U型铁与钢丝制成远程磁铁来调整吊臂位置以开辟道路。在花园广场，玩家需收集三脚架、闪光粉等部件合成闪光灯并显像照片来推进剧情，这些行动都是为了最终抵达并渗透核武器仓库扫清障碍。整个任务链条强调逻辑推理与道具的联动使用，考验玩家的系统性思维和耐心观察。
作为游戏的高潮与终极挑战，特殊的古石密室是达成最终目标必须攻克的关键。古石作为隐藏内容，需要玩家在游戏进程中集齐特定的安瓿瓶才能解锁。该关卡的核心谜题设计极为精妙，涉及多步骤的道具联动与空间逻辑推演。玩家需要用长钳子和小刀获取红蓝宝石碎片，将胚模放入石槽组合成完整宝石，并严格依据地图提示的颜色与形状对应关系来调整机关。蓝色可能对应圆形与叉号，红色则对应三角与加号。玩家需要通过操作飞行器抵达特定的H形场地，使用电钻与梯子等工具进入终点区域，这一系列成功操作将直接导向对组织核武器阴谋的最终揭露与破坏。
整个任务的完成依赖于对环环相扣谜题的破解。从基础的场景观察到复杂的机关串联，游戏的难度曲线呈现渐进式提升。玩家必须细心检查场景内所有可互动对象，例如按照特定顺序操作显微镜调焦，或参照房间内数字试管的排列来破解试管颜色密码。任务中充满了需要回溯思考的环节，例如剧场房顶的猫头鹰标志碎片需要与镜框等部件合成为双目镜这样的关键道具。每一步解谜都是推进剧情、收集证据和最终瓦解邪恶组织计划不可或缺的一环。
玩家通过破解从剧场到黑暗之城，直至古石密室的全部谜题，最终揭露邪恶组织的核武器阴谋，并成功将自己收集到的重要信息传递出去，从而彻底完成作为秘密特工所肩负的秘密任务。游戏通过将叙事与紧密的玩法相结合，让玩家在解谜过程中亲身经历并最终实现这一核心目标。
