要前往六之岛，首先需要完成主线剧情并成为联盟冠军。这意味着玩家需要击败所有道馆馆主、四大天王以及现任冠军。完成这一基础条件后，返回一之岛找到比尔和他的朋友赛利欧，通过对话获得彩虹票。这张通行证是前往二至七号岛的关键道具，没有它无法开启后续旅程。获得彩虹票后，回到一之岛的港口与船长对话，选择前往六之岛即可启程。部分版本中还需确保图鉴已升级为国家图鉴，这需要先收集至少60种宝可梦。
抵达六之岛后，玩家将面对全新的探索区域和挑战。六之岛别称水之路径或财宝岛，地形复杂多变，包含水道迷宫、火焰之路、古代遗迹等特色区域。水道迷宫需要通过冲浪技能穿梭于复杂的水道之间；火焰之路则充满岩浆和火系宝可梦，需谨慎行进；古代遗迹藏有需要解读的古代文字和符号。这些区域不仅考验玩家的解谜能力，还提供了捕捉珍稀宝可梦的机会，如迷唇姐、电击怪等特殊种类。建议在探索前准备好会冲浪和飞行的宝可梦，并携带充足回复道具。
六之岛上的谜题设计颇具挑战性，最具代表性的是图案石室和怪石林。图案石室要求玩家通过移动岩石完成特定图案才能开启深层区域；怪石林则栖息着稀有野生宝可梦，需要特定技能或道具才能触发遭遇。岛上还存在名为战斗之路的连续挑战路线，玩家需连续应对高强度对战。解谜过程中需注意观察环境细节，某些隐藏路径或互动点可能被地形遮挡。建议在关键决策点手动存档，避免因失误导致重复挑战。
