过海是推进主线剧情的关键操作，需要掌握冲浪术（HM03）和特定剧情触发条件。冲浪术通常需击败枯叶市的马志士（电系道馆馆主）后，在圣安奴号游轮事件中从船长处获得。获得后需让宝可梦学习该技能，水系或部分兼容属性的宝可梦均可使用。冲浪术既是战斗技能也是地图移动技能，需在背包中选中并指定宝可梦学习。
完成圣安奴号剧情后，玩家需前往枯叶市码头使用船票登船。船票通过帮助正辉博士恢复人形后获得，该剧情位于华蓝市北部的正辉小屋。登船后需击败包括劲敌在内的多名训练师，最终与船长对话获取冲浪术。部分海域存在隐藏路径，如双子岛需用冲浪术绕行瀑布区域，而七岛剧情则需通关后升级图鉴才能解锁。海域中的野生宝可梦等级较高，建议队伍平均等级达到30级以上。
游戏后期需通过潜水术（HM08）探索海底区域，该技能在通关水静市水舰队基地后获得。潜水与冲浪需配合使用，例如在124号水道潜水可抵达海底洞窟。部分神兽捕捉需多次切换冲浪与潜水，如急冻鸟所双子岛需先冲浪至洞穴入口，再潜水调整水位。注意潜水状态无法遭遇野生宝可梦，但海底地形存在隐藏道具。
通关后前往七岛需完成特定任务：首先在1号岛灯火山取得红宝石，交给奥普拉博士升级图鉴；其次在4号岛冰洞获取登瀑术（HM07），用于攀登瀑布进入训练师塔。七岛海域存在特殊漩涡区域，需快速通过否则会被冲回起点。最终在诞生岛通过解谜可触发代欧奇希斯捕捉事件，该过程需反复使用冲浪术调整岛屿位置。
游戏机制上，冲浪速度受宝可梦速度种族值影响，例如宝石海星比水箭龟移动更快。部分版本存在冲浪术BUG，如在特定坐标使用可能导致角色卡死，建议及时存档。联机交换获得的宝可梦若携带冲浪术，需注意技能可能因版本差异被系统删除。官方活动赠送的闪光宝可梦通常禁止学习冲浪术，需通过正常流程获取。
技术层面分析，过海操作涉及地图加载逻辑和碰撞检测。游戏通过16×16像素的网格划分水域，冲浪时每帧检测相邻网格的可通行状态。ROM数据中存储了各海域的野生宝可梦出现率，如双子岛急冻鸟遭遇率为0.1%。修改存档时若直接添加冲浪术可能导致剧情错乱，建议通过正常流程推进。模拟器玩家可使用内存编辑器查看当前水域的坐标参数，但可能影响成就系统判定。
